Структуру органов местного самоуправления Нехаевского сельсовета составляют:
представительный орган муниципального образования – Собрание депутатов Нехаевского сельсовета Рыльского района;
глава муниципального образования – Глава Нехаевского сельсовета Рыльского района;
местная администрация (исполнительно-распорядительный орган муниципального образования) – Администрация Нехаевского сельсовета Рыльского района;
контрольный орган муниципального образования – ревизионная комиссия Нехаевского сельсовета Рыльского района.
Администрация Нехаевского сельсовета Рыльского района обладает правами юридического лица.
Собрание депутатов Нехаевского сельсовета Рыльского района не обладает правами юридического лица.
Органы местного самоуправления Нехаевского сельсовета не входят в систему органов государственной власти.
Финансирование расходов на содержание органов местного самоуправления муниципального образования «Нехаевский сельсовет» осуществляется исключительно за счет собственных доходов местного бюджета.